Un important débat a couvert la question de savoir si les AMP constituaient un outil approprié pour la conservation des cétacés. Avant de créer des aires protégées pour les cétacés, il convient d'étudier avec soin si celles-ci pourront atteindre les objectifs prévus. Le principal argument contre l'utilisation d'aires protégées pour les cétacés est qu'il est difficile de couvrir en une seule zone la distribution d'une espèce extrêmement mobile tout au long de l'année.Ces lignes directrices se composent essentiellement de deux parties, qui correspondent aux deux phases du processus : (a) la sélection et la création d'AMP et (b) la gestion des AMP. La création d'une AMP est un processus complexe qui implique normalement, en séquence : (a) la définition des objectifs de l'AMP potentielle, fondée sur les connaissances existantes de la présence de cétacés dans la zone et de l'existence de menaces